内蒙古自治区科学技术协会（简称：内蒙古科协）代表大会和它选举产生的全区委员会是内蒙古科协全区领导机构。内蒙古科协全区代表大会常务委员会是内蒙古科协全区代表大会的常设机构。内蒙古科协代表大会每五年举行一次，由内蒙古科协委员会召集。特殊情况下，可以提前或延期举行。内蒙古科协代表大会的代表名额和选举办法由常务委员会决定，其代表经全区学会和盟、市科学技术协会及有关方面民主协商，选举产生。内蒙古科协代表大会代表实行任期制。
内蒙古科协代表大会行使下列职权：
一、决定内蒙古科协的工作方针和任务;
二、审议和批准内蒙古科协委员会的工作报告;
三、选举产生全区委员会;
四、决定其他重大事项。
内蒙古科协代表大会现有代表508名。